Mgr. Marian Novotný, Ph.D. ****************************************************************************************** * ****************************************************************************************** Katedra buněčné biologie Přírodovědecká fakulta ORCID: 0000-0001-8788-3202 [ URL "https://orcid.org/0000-0001-8788-3202"] ResearcherID: B-7036-2008 Twitter: @majek_n [ URL "https://twitter.com/majek_n/"] ****************************************************************************************** * Co Vás k open science přivedlo a jak se Váš vztah k otevřené vědě vyvíjel? ****************************************************************************************** Měl jsem velké štěstí, že jsem se na doktorát dostal do laboratoře Gerarda Kleywegta na Up univerzitu, který se v komunitě strukturních biologů snažil prosadit princip, že 3D strukt by měly být zveřejňovány spolu s experimentálními daty. Gerard také vytvářel nástroje pro experimentálních dat z rentgenové krystalografie. Prakticky od začátku své vědecké kariéry považoval dostupnost dat za základní předpoklad vědeckých projektů. Pohybuji se stále v ob bioinformatiky, která je závislá na otevřených datech a díky dostupnosti dat přinesla řadu uplatnitelných v biomedicíně a při vývoji diagnostických či terapeutických metod. Na Unive podílím na rozvoji velké panevropské infrastruktury ELIXIR. Evropský ELIXIR má národní uzl ELIXIR CZ [ URL "https://www.elixir-czech.cz/"] je infrastrukturou, která usiluje o komple uchovávání, organizace a analýza) o „Life science“ data založenou na FAIR principech. ****************************************************************************************** * Co z open science praxe je Vaším denním chlebem? ****************************************************************************************** V naší výzkumné skupině CUSBG [ URL "http://bioinformatika.mff.cuni.cz/cusbg/"] , kterou v Hokszou z MFF UK, máme vznikající software (i používané datasety) na GITHUB, aby byly veře rámci infrastruktury ELIXIR CZ organizujeme školení o FAIR principech, otevřených datech a jejich správu – a to především o nástroji Data Stewardship Wizard [ URL "https://ds-wizard vyvíjí kolega z ČVUT Robert Pergl. ****************************************************************************************** * Proč je podle Vás otevřenost ve vědě důležitá? ****************************************************************************************** Otevřenost vědeckých dat je nesmírně cenná, protože umožňuje nejenom získávat vědecké pozn ale současná pandemická situace nám ukazuje, že díky otevřené vědě můžeme koncentrovat obr dat (k dispozici je více než milión plně sekvenovaných genomů SARS-COV2), které lze využít netriviálních vhledů do biologie viru, ale i jako trénovací materiál pro dynamicky se rozv strojového učení. V neposlední řadě však otevřená věda umožňuje „dělat vědu“ prakticky kom přístupem k internetu. Je opravdu inspirujícím zážitkem vidět středoškolské studenty prohl lidských proteinů a snažící se porozumět, jak mohou konkrétní mutace způsobovat vážná onem věda tak pomáhá přivést k vědecké kariéře řadu studentů, kteří by jinak neměli příležitost zkušenost s vědeckou praxí. ****************************************************************************************** * Co byste kolegům poradil, pokud by chtěli ve své praxi využívat open science principy? ****************************************************************************************** Obrátit se na kolegy, kteří s tím mají zkušenosti – pokud se pohybují v oblasti Life scien pomůžeme v ELIXIR CZ. Na UK je správným místem Centrum pro podporu open science. ****************************************************************************************** * Které překážky je podle Vás nutné překonat, aby se open science mohla stát běžnou praxí? ****************************************************************************************** Překážky se podle mě vyskytují na několika úrovních. Je pochopitelně nutné mít hardwarové prostředky a síťovou infrastrukturu, které umožní data spolehlivě a bezpečně sdílet. Dále protokoly pro sdílení dat a poskytovat školení, které usnadní uživatelům sdílení dat a na třeba motivovat vědce ke sdílení dat pozitivními příklady. ****************************************************************************************** * Co pro Vás open science znamená? ****************************************************************************************** Open science je přirozeným přístupem k provozování vědy, který je prospěšný i pro uživatel především pro producenty dat.